Sejak tahun 2009, TCI mulai melakukan berbagai kerjasama penelitian dan membangun beberapa destinasi yang didesain bukan hanya sebagai destinasi wisata namun lebih dari itu yaitu sebagai wahana edukasi, penelitian dan konservasi. 

Destinasi awal yang dibangun adalah Pulau Konservasi Kepayang, Kecamatan Sijuk. Misi lingkungan yang diemban pada awal program adalah bagaimana mengajak masyarakat melestarikan terumbu karang dan penyu dan beralih dari penggunaan potasium dan bom ikan ke penangkapan ikan yang ramah lingkungan serta berkelanjutan.

Destinasi kedua yang dibangun yaitu Taman Wisata Alam Batu Mentas. Misi utama Batu Mentas adalah bagaimana mengumpulkan data dan melestarikan Tarsius (Pelilean) dan mengatasi illegal logging dan illegal mining pada Hutan Lindung Gunung Tajam. Sama seperti Pulau Kepayang, konsep pengembangannya adalah membangun destinasi berbasis lingkungan dan edukasi.

Destinasi ketiga yang pernah dikembangkan yaitu Pusat Edukasi Mangrove di Petaling, Selat Nasik. Konsep yang dikembangkan adalah menjadikan Pulau Selat Nasik (Mendanau) menjadi pusat edukasi mangrove dan destinasi wisata berbasis konservasi mangrove dan dikelola oleh masyarakat.

TCI juga bekerja sama dengan berbagai stakeholder termasuk pemerintah di tingkat nasional dan daerah untuk mendampingi, memfasilitasi dan mengembangkan konsep pariwisata berbasis masyarakat seperti Desa Wisata untuk terus berkembang dan Berkelanjutan.